L'acétyl résultant se fixe sur un acide aminé de la cyclo-oxygénase: la sérine. La séquence de l'enzyme étant modifiée, la structure spatiale est bouleversée. De ce fait, le site actif est incapable de fixer le substrat, l'acide arachidonique, et de le catalyser en prostaglandines

Or, il existe deux types de cyclo-oxygénases:
- D'une part, celles qui sont secrétées pas les thrombocytes, ou plaquettes (COX 1), et contribuent à la formation de thromboxane (agrégant). Ces plaquettes sont des cellules anucléées incapables d'accomplir des synthèses de protéines au cours de leurs durée de vie (limitée à 7 - 10 jours). Il faut donc attendre que la cellule se renouvelle pour avoir de la COX1.
- D'autre part, la COX2, qui est sécrétée par les cellules de l'endothélium. Ce type de cellule nucléée, est capable, quand à lui, de reformer cette cyclo-oxygénase (qui aboutit à la formation de prostacycline) après avoir été exposé à l'AAS.
On comprend ainsi le déséquilibre tourné vers l'action anti-agrégante: en effet, il y aura plus vite de la COX2, qui donnera des molécules de prostacyclines dont le rôle est d'empêcher la coagulation des plaquettes.
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